Projekt "Next Generation Sequencing" wird fortgesetzt

Dr. rer. nat. Karin Mayer
Dr. rer. nat. Karin Mayer

Für Patienten mit einer genetischen Erkrankung ist die genetische Diagnostik sowohl zur Abklärung der Krankheitsursache, für eine präzise genetische Beratung sowie als Grundlage zur Untersuchung weiterer Familienmitglieder oder auch hinsichtlich eines möglichen Kinderwunsches von großer Bedeutung.

 

Bei Patienten mit klinisch gesicherter Diagnose TSC kann mit den herkömmlichen molekulargenetischen Analysemethoden bisher jedoch nur in etwa 85 % der Fälle eine entsprechende Mutation im TSC1- oder TSC2-Gen nachgewiesen werden.

 

Um diese diagnostische Lücke weiter zu schließen, untersucht Dr. rer. nat. Karin Mayer, Fachhumangenetikerin am Zentrum für Humangenetik und Laboratoriumsdiagnostik in Martinsried den Einsatz einer neuen Technologie zur Analyse der DNA-Sequenz, das sog. Next Generation Sequencing (NGS), welche im Vergleich zu den konventionellen Methoden eine vielfach höhere Sequenzierkapazität aufweist. Das Pilotprojekt, das bisher mit 19.665 Euro durch den Tuberöse Sklerose Deutschland e. V. gefördert wurde, startete nach Vorliegen eines positiven Votums der Ethikkommission der Bayerischen Landesärztekammer im Jahr 2011.

 

Eingeschlossen wurden TSC-Patienten, die bereits am Zentrum für Humangenetik und Laboratoriumsdiagnostik in Martinsried mit den konventionellen Methoden untersucht wurden und bei denen bisher keine Mutation nachgewiesen werden konnte.

 

In der ersten Phase wurden anhand von 10 Patientenproben parallel zwei verschiedene Analysestrategien verfolgt, um die beiden TSC-Gene aus der DNA anzureichern und anschließend mit unterschiedlichen NGS-Sequenziertechnologien zu analysieren. Mit Hilfe der effizienteren Methode konnten bei insgesamt sechs von 13 nachuntersuchten Patientenproben Mutationen identifiziert werden, die mit den vorherigen Routinemethoden nicht nachweisbar waren. Bei vieren davon handelte es sich um sogenannte Mosaike, zwei weitere Mutationen fanden sich in regulatorischen Bereichen (Introns) des TSC2-Gens.

 

Mit dem Ziel, unter Einsatz veränderter technischer und zusätzlicher bioinformatischer Methoden bei weiteren Patienten Mutationen zu identifizieren, um idealerweise bei 100 % der TSC-Patienten einen genetischen Nachweis über die Erkrankung erbringen zu können, geht das Projekt unter Leitung von Dr. rer. nat. Karin Mayer nun in die zweite Runde. Mittlerweile wird hier Material von 18 TSC-Patienten (7/13 ohne bisherigen Mutationsnachweis aus der ersten Phase und 11 zusätzlichen Patienten aus der zweiten Phase) mit verschiedenen Anreicherungs-, Sequenzier-, und Auswertestrategien nachuntersucht. In erster Linie dient die Studie der Erarbeitung einer Argumentationsgrundlage, um die bisher überwiegend in der Forschung eingesetzte NGS-Methode zum Auffinden von in bestimmten Geweben unterrepräsentierten Mutationen (Mosaiken) und regulatorischen Mutationen auch in der Routinediagnostik zur Patientenversorgung verankern zu können.

 

Darüber hinaus gibt jede verbesserte genetische Analysemethode zudem weitere Anhaltspunkte, die in Zukunft dazu beitragen können, einen Zusammenhang zwischen Art und Lokalisation einer TSC-Mutation und dem möglichen Krankheitsverlauf sowie entsprechend notwendiger Therapieoptionen herstellen zu können. Für das Folgeprojekt stellt die Deutsche Tuberöse Sklerose Stiftung daher gerne finanzielle Mittel von knapp 13.500 Euro zur Verfügung.

 

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